Kebun raya terbesar se-asia tenggara ini juga telah diajukan menjadi salah satu situs warisan dunia ke UNESCO. Kebun Raya Bogor yang juga dikaitkan telah ada sejak zaman Kerajaan Pajajaran ini diharap tetap menjalankan fungsinya, yakni konservasi, penelitian, edukasi, wisata dan jasa lingkungan.
Berdasarkan situs LIPI, disebutkan bahwa Kebun Raya Bogor kini telah berusia 204 tahun. Usia itu dihitung sejak dimulainya pembangunan Kebun Raya Bogor di era Gubernur Jenderal Belanda Godert Alexander Gerard Philip (G.A.P.P) Van Der Capellen pada tahun 1817.
Pada awal pendiriannya, Kebun Raya Bogor memiliki nama 's Lands Plantentuin te Buitenzorg. Kebun yang kala itu memiliki luas 47 hektar kemudian menjadi rumah bagi 900 jenis tanaman yang berasal dari berbagai belahan nusantara.
Kebun Raya Bogor dibangun oleh Caspar George Carl Reinwardt, seorang ilmuwan botani dan kimia berdarah Jerman yang ditunjuk menjadi menteri Pertanian, Seni, dan Pendidikan untuk Pulau Jawa dan sekitarnya oleh pemerintahan Hindia Belanda. Reinwardt tidak sendiri, ia didampingi James Hooper dan W. Kent yang merupakan para ahli botani dari Kebun Botani Kew yang terkenal di Richmond, Inggris.
Sejak 1817, Reinwardt kemudian dicatat sebagai direktur 's Lands Plantentuin te Buitenzorg pertama hingga 1822. Dimana posisinya sebagai direktur kemudian diganti oleh Dr. Carl Ludwig Blume. Di era inilah kemudian tanaman yang ada di 's Lands Plantentuin te Buitenzorg diinventarisir. Katalog pertama pun dibuat dan berhasil mencatat 912 jenis atau spesies tanaman yang ada di 's Lands Plantetuin te Buitenzorg.
Perkembangan besar-besaran kemudian terjadi pada 1831, yakni saat 's Lands Plantentuin te Buitenzorg dipimpin oleh Johannes Elias Teijsmann, seorang ahli kebun di istana Gubernur Jenderal Johannes van den Bosch. Dibantu Justus Karl Hasskarl, Teijsmann kemudian mengelompokkan tanaman di Kebun Raya Bogor kala itu sesuai suku atau familia. Pohon-pohon besar dipindahkan untuk ditata dan diberi label berdasarkan penanamannya. Selama masa jabatannya, Teijsmann berhasil membawa ribuan spesies tumbuhan ke Kebun Raya Bogor dari perjalanan-perjalanannya ke berbagai negara.
30 Mei 1868, merupakan hari bersejarah bagi Kebun Raya Bogor yang kala itu masih bernama 's Lands Plantentuin te Buitenzorg. Sebab sejak hari itu, kepengurusannya secara resmi terpisah dengan kepengurusan halaman istana Gubernur yang kini menjadi Istana Bogor.
Dalam perjalanannya, 's Lands Plantentuin te Buitenzorg sempat berganti nama menjadi Shokubutsuen. Perubahan nama itu terjadi setelah Belanda menyerah tanpa syarat kepada Jepang pada 1942. Shokubutsuen kemudian diambil alih kepemimpinannya oleh Profesor Jepang bernama Takenoshi Nakai.
Pada era paska kemerdekaan, nasionalisasi lembaga dilakukan. 's Lands Plantentuin te Buitenzorg yang dirubah namanya oleh Jepang menjadi Shokubutsuen, kemudian dirubah menjadi Jawatan Penyelidikan Alam, kemudian menjadi Lembaga Pusat Penyelidikan Alam (LPPA). Sejak saat itu pengelolaan dilakukan oleh bangsa Indonesia melalui Prof. Ir. Kusnoto Setyodiwiryo.
Kebun Raya Bogor, pada mulanya hanya akan digunakan sebagai kebun percobaan bagi tanaman perkebunan yang akan diperkenalkan di Hindia Belanda. Namun pada perkembangannya, pendirian Kebun Raya Bogor bisa disebut mengawali perkembangan ilmu pengetahuan di Indonesia dan sebagai wadah bagi ilmuwan terutama bidang botani di Indonesia secara terorganisasi pada zaman itu (1880-1905).
Sejak didirikannya 's Lands Plantetuin te Buitenzorg, lahir beberapa institusi ilmu pengetahuan lain seperti Bibliotheca Bogoriensis (1842), Herbarium Bogoriense (1844), Kebun Raya Cibodas (1860), Laboratorium Treub (1884), serta Museum dan Laboratorium Zoologi (1894). Seiring perkembangan zaman dan ilmu pengetahuan, Kebun Raya Bogor yang kini memiliki luas hingga 87 hektar, menjelma menjadi rumah tinggal untuk belasan ribu tanaman langka dari berbagai pelosok negeri dan dunia. Kebun Raya Bogor kini memiliki koleksi tumbuhan sekitar 222 suku (famili), 1.257 Marga, 3.423 jumlah spesies dan 13.684 spesimen.